Benvenuti nell'Anagrafe della Ricerca d'Ateneo
La valutazione delle attività di ricerca che si svolgono nelle università ha assunto un'importanza rilevante sia per l'intero sistema universitario sia all'interno di ogni singolo ateneo. Roma Tre si è quindi dotata di idonei strumenti informativi in grado di supportare al meglio le azioni di monitoraggio e di valutazione delle attività di ricerca svolte nei propri dipartimentied ha realizzato una Anagrafe della Ricerca di Ateneo.
EnglishReconstructing genomes of organisms from high-throughput sequencing experiments without a reference genome available (de novo assembly) is a challenging problem which has been approached in several ways in the past decade. Although numerous methods are available and many offer fair performance in reconstruction, there is a lack of generalized template libraries and interchangeable data structures/methods for serial, multithreaded and distributed processing. In this work we propose a novel set of cache oblivious generic data structures for serial, multithreaded and distributed processing of high-throughput sequencing data for the creation of de Bruijn or k-mer graphs towards their usage in de novo assembly and related HTS data analytics problems.
Milicchio, F. (2016). High-performance data structures for de novo assembly of genomes: cache oblivious generic programming. In Proceedings of the 7th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics [10.1145/2975167.2985691].
| Titolo: | High-performance data structures for de novo assembly of genomes: cache oblivious generic programming | |
| Autori: | ||
| Data di pubblicazione: | 2016 | |
| Citazione: | Milicchio, F. (2016). High-performance data structures for de novo assembly of genomes: cache oblivious generic programming. In Proceedings of the 7th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics [10.1145/2975167.2985691]. | |
| Handle: | http://hdl.handle.net/11590/320473 | |
| Appare nelle tipologie: | 4.1 Contributo in Atti di convegno |
File in questo prodotto:
http://hdl.handle.net/11590/320473
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